فرشید باقری در هفته های پایانی لیگ هجدهم با مصدومیت شدید روبرو شد و
در آن زمان شایعاتی مطرح شد که این بازیکن باید عمل جراحی کند اما او بدون
عمل جراحی و با تمرینات تقویتی به تمرینات برگشت تا بازی‌های این تیم در
لیگ نوزدهم را از دست ندهد.
با این حال فرشید باقری در دقایق ابتدایی نیمه دوم بازی با فولاد مصدوم و
از زمین بازی تعویض شد تا مشخص شود مصدومیت قدیمی این بازیکن دوباره او را
اذیت می کند.
گفته می‌شود قرار است فرشید باقری با پزشکان تیم فوتبال استقلال مشورت
کند تا در صورت صلاح آنها این بازیکن پایش را به تیغ جراحان بسپارد تا
بتواند با قدرت به میادین برگردد.