جدایی قلعه‌نویی از استقلال کافی بود تا اختلافات او با واعظ آشتیانی که حتی در طول فصل گذشته هم وجود داشت، شدت بیشتری پیدا کند. قلعه‌نویی و استقلال پس از قطع همکاری با یکدیگر بارها وارد چالش شدند و حالا شکایت باشگاه استقلال از این مربی حاشیه جدیدی است که بعضی از رسانه‌ها به این موضوع پرداخته‌اند.
استقلالی‌ها قرار است به دلیل مصدومیت رینالدو بازیکن پرویی خود از امیر قلعه‌نویی شکایت کنند، چرا که معتقدند این مربی فشار تمرینات را زیاد کرده بود و همین موضوع باعث شد تا رینالدو مصدوم شود. از طرفی می‌گویند قلعه‌نویی در یک کنفرانس مطبوعاتی خودش اعتراف کرده که نباید رینالدو در این تمرینات پرفشار شرکت می‌کرد و قرار است استقلالی‌ها در شکایت خود فیلم حرف‌های سرمربی سابق‌شان را در اختیار کمیته انضباطی قرار دهند. البته این خبرها در حالی مطرح می‌شود که باشگاه استقلال هنوز اظهارنظر رسمی در این مورد نداشته و خبر شکایت از قلعه‌نویی را تایید و یا تکذیب نکرده است. حتی غلامحسین مظلومی مدیر استقلال هم در این خصوص به خبرگزاری فوتبال می‌گوید: «من به هیچ عنوان از خبر شکایت باشگاه از قلعه‌نویی اطلاعی ندارم و بهتر است در این مورد با مدیرعامل و یا مدیر روابط عمومی صحبت کنیم.»
در این میان اما شنیدن حرف‌های قلعه‌نویی جذابیت‌های خاص خودش را دارد، هرچند که او حاضر نیست زیاد در این مورد صحبت کند. قلعه‌نویی در پاسخ به این سئوال که آیا خبر دارید باشگاه استقلال به دلیل مصدومیت رینالدو می‌خواهد از شما شکایت کند، به خبرگزاری فوتبال ایران می‌گوید: «من مشکلی ندارم، بروند شکایت کنند. اصلا دوست ندارم تمرکز خودم و تیمم را از دست بدهم و به حاشیه‌های فوتبال بپردازم. در حال حاضر فقط به سپاهان فکر می‌کنم و در انتظار شروع لیگ هستم.»
قلعه‌نویی در پاسخ به این سئوال که آیا قبل از آمدن رینالدو به استقلال فیلم بازی‌های این بازیکن را دیده بودید، تاکید می‌کند: «بله من فیلم بازی‌های رینالدو را دیده بودم و حتی این بازیکن با تیم ملی پرو مقابل اسپانیا بازی کرده بود.»
قلعه‌نویی همچنین در پاسخ به این سئوال که آیا رینالدو از زمانی که با استقلال تهران قرارداد بست تا پایان فصل مصدوم بود، تاکید می‌کند: «در بعضی از مواقع رینالدو مصدوم بود و گاهی هم در سلامت کامل به سر می‌برد. زمانی که مصدوم بود طبیعی بود که نمی‌توانست بازی کند و زمانی هم که مشکلی برای بازی کردن نداشت، ترجیح می‌دادیم از این بازیکن استفاده نکنیم. در فوتبال امروز دنیا نقل و انتقالات بسیاری صورت می‌گیرد ولی دلیلی ندارد که هر بازیکنی به تیم دیگری می‌رود، حتما به طور ثابت بازی کند. به عنوان مثال رونالدینیو فوتبالیست بزرگ برزیل از بارسلونا به میلان رفت ولی در این تیم ایتالیایی نیمکت‌نشین شد.»
قلعه‌نویی در پاسخ به این سئوال که آیا تمرینات پرفشار شما باعث مصدومیت رینالدو شد، می‌گوید: «اولین باری است که در این فوتبال چنین چیزی را می‌شنوم و نمی‌دانم چه بگویم. تمرینات من همیشه پرفشار است و حتی الان بازیکنان سپاهان به دلیل فشار زیاد تمرینات نمی‌توانند بدون بستن قلم‌بند تمرین کنند. البته در این فوتبال که آدم‌های غیرورزشی در آن مسئولیت دارند باید شاهد چنین مسائلی باشیم.» سرمربی سپاهان در پاسخ به این سئوال که در صورت شکایت باشگاه استقلال بابت مصدومیت رینالدو چه واکنشی نشان خواهید داد، می‌گوید: «نمی‌دانم چه بگویم. اگر این اتفاق رخ دهد باید در کتاب گینس ثبت شود.»