استقلال هم مانند سایر باشگاه هاى لیگ برترى کمیته انضباطى دارد و در شرایط عادى طبیعى است که این کمیته باید به تخلفات داخلى بازیکنان از جمله پرخاشگرى با یکدیگر، مصاحبه علیه مدیریت، توهین به مربى ومسائلى از این قبیل رسیدگى کند اما واقعیت امر چیز دیگر است و شرایط به گونه خاصى رقم مى خورد. البته کمیته انضباطى استقلال فعالیت خواهد کرد و در برخى مواقع تصمیمات مهمى هم اتخاذ مى کند که مورد تأیید مدیران نیز قرار مى گیرد اما بدون شک هر تصمیمى که در ارتباط با بازیکنان خاصى گرفته شود، با هماهنگى امیر قلعه نویى خواهد بود و سرمربى تیم بر تمام امور اشراف خواهد داشت. در واقع اگر امیر تشخیص بدهد که یک بازیکن باید تنبیه شود، مى تواند شخصاً اقدام کند و اگر نیاز به یک بازیکن داشته باشد، بدون هیچ شک و تردیدى کمیته انضباطى خلاف میل او رفتار نخواهد کرد و با محکومیت وى باعث ایجاد تنش میان اعضا تیم نمى شود.