مسعود معینی درباره مشکلات به وجود آمده میان او و امیر قلعه‌نویی می‌گوید: «من به عملکرد سپاهان در لیگ قهرمانان آسیا انتقاد کردم نه به امیر قلعه نویی. ایشان هم پاسخ من را داده و نمی‌خواهم وارد این مسائل شوم و جوابی به صحبت‌های ایشان نمی‌دهم.
امیر قلعه نویی باید تحمل خود را بالا ببرد. اگر من که سال‌ها در این فوتبال بوده ام در مورد امیر قلعه نویی حرف نزنم خواروبار فروش باید در این باره صحبت کند؟ اگر انتقادی می‌کنم درباره عملکرد نظر می‌دهم نه شخصیت افراد.»
رییس آکادمی فوتبال استقلال در ادامه حرف‌هایش گفت: «امیر قلعه نویی که می‌گوید فوتبالی‌ها باید هوای فوتبالی‌ها را داشته باشند چرا سال گذشته که از من تعریف می‌کرد برای لیگ قهرمانان آسیا توجهی به من نکرد و از من مشاوره نخواست؟»
معینی در عین حال معتقد است قلعه‌نویی جزو مربیان خوب فوتبال ما محسوب می‌شود: «هنوز هم می‌گویم قلعه‌نویی مربی خوب و برای من عزیز است اما فوتبالی که سپاهان در لیگ قهرمانان از خود نشان داد خوب نبود و من به این عملکرد فنی ایراد گرفتم.»
معینی درباره این شائبه که برخی می‌گویند دلیل انتقاد از امیر قلعه‌نویی، به کار کردن او با واعظ آشتیانی باز می‌گردد، توضیحاتی داد: «این فکر معیوبی است که چنین حرفی زده می‌شود. من شخصیت مستقلی دارم. نیازی به پول آکادمی فوتبال ندارم که بخواهم برای گرفتن این پست سابقه ام را فراموش کنم. قلعه نویی یادش باشد که در سال 1984 در هیروشیما من مربی اش بودم. پست ریاست آکادمی برای من کوچک است و اگر مشغول کار هستم برای این است که فوتبال پایه استقلال را به پیشرفت برسانم.» وی با بیان اینکه قلعه نویی با توجه به بازیکنان، مدیریت و امکانات خوب توانسته سپاهان را قهرمان کند، به حرف‌هایش ادامه داد: «استقلال هم بازیکنان و کادرفنی خوبی دارد و اگر نتوانست قهرمان شود به دلیل مشکلات حاشیه‌ای بود. پرسپولیس هم دچار تغییر مدیریتی شد. آنها در فصل نقل و انتقالات نتوانستند بازیکن خوب بخرند. این تیم اکنون ستاره ندارد. اوج مشکلات پرسپولیس و استقلال باعث شد سپاهان به یک باره 10 امتیاز جلو بیفتد. عیار قلعه نویی در سپاهان مشخص شد و با وجود قهرمانی در لیگ نتوانسته در لیگ قهرمانان به مرحله بعدی صعود کند و از تیم اماراتی باخت.»
مسعود معینی معتقد است استقلال با توجه به سیاست حاکم خود نخواسته در تهران میزبان باشد: «اینکه در مرحله بعد با چه تیمی بازی کنیم، به نظر آقای واعظ آشتیانی و سیاست مدیریت باز می‌گردد. ما ایرانی‌ها به مسائلی اعتقاد داریم و زیارت خانه خدا این انرژی را به بازیکنان می‌دهد که مقابل تیم عربستانی موفق شوند. فکر می‌کنم بازی با الشباب جزو سیاست‌های آقای واعظ بود.»