فرشید باقری با توجه به مشکلاتی که دراستقلال وجود داشت، انتقاداتی را نسبت به مدیران این باشگاه به زبان آورده بود. انتقادات باقری و البته درگیری‌اش در جریان دربی جریمه انضباطی از سوی باشگاه را به دنبال داشت و او از حضور در تمرینات منع شد.
با این حال با اصرار وینفرد شفر و اعلام نیاز او برای استفاده از فرشید باقری در دیدارهای باقیمانده لیگ قهرمانان آسیا و لیگ برتر و همچنین درخواست پیشکسوتان باشگاه، امیرحسین فتحی محرومیت این بازیکن را تعلیق کرد. با تعلیق محرومیت باقری، این بازیکن روز گذشته به اردوی آبی‌پوشان در ابوظبی اضافه شد تا تیمش را در دیدار مقابل الهلال عربستان همراهی کند.
حالا که روابط حسنه شده، به نظر رابطه امیرحسین فتحی و فرشید باقری بسیار صمیمی شده است. مدیرعامل باشگاه استقلال در اردوی این تیم در ابوظبی با فرشید باقری عکسی به یادگار گرفته است تا به نوعی ناراحتی‌ها از یاد برود.