امیرقلعه نویی در لیگ های دوازدهم، سیزدهم و چهاردهم برای دومین مرتبه هدایت آبی های تهران را برعهده گرفت و در اولین سال حضورش توانست سومین جام قهرمانی را با این تیم به کارنامه خود و البته تاریخ باشگاه استقلال اضافه کند. سرمربی آبی ها البته در سپاهان هم پیش از عزیمت دوباره به استقلال صاحب دو عنوان قهرمانی شده بود تا تعداد قهرمانی های خود را در تاریخ لیگ برتر به عدد 5 برساند ولی استقلالی ها همچنان همان سه قهرمانی ای را در لیگ برتر یدک می کشند که با سرمربی فعلی سپاهان کسب کرده اند.
با این حال همیشه حساسیت های زیادی در فصل نقل و انتقالات در رابطه با مقصد بازیکنان استقلال وجود دارد و اگر این مقصد، تیم امیرقلعه نویی باشد، حساسیت ها بیشتر می شود. پیش تر قلعه نویی پس از حضور در سپاهان، خسرو حیدری، جان واریو و هاشم بیگ زاده را با خود به این تیم برد؛ موضوعی که حساسیت هواداران بخش آبی پایتخت را به همراه داشت.
این حساسیت سبب شده تا در 5 سال اخیر که قلعه نویی پس از جدایی اش از استقلال در تیم های تراکتورسازی، ذوب آهن و سپاهان فعالیت داشته، هیچ بازیکنی از آبی ها را در لیست خود قرار ندهد ولی در سوی مقابل مدیران باشگاه استقلال سه بار طی این سال ها روی بازیکنان امیرقلعه نویی دست گذشته اند.
اولین خرید آنها بختیار رحمانی از تراکتورسازی بود که پس از پایان خدمت به استقلال کوچ کرد. خرید بعدی آبی ها از تیم های امیرقلعه نویی سال گذشته رخ داد و علی کریمی هافبک ملی پوش طلایی پوشان به جمع آبی ها اضافه شد. در نهایت آخرین و البته جنجالی ترین خرید استقلال از تیم های تحت هدایت امیرقلعه نویی، جذب سیاوش یزدانی یکی از ارکان اصلی تیم فوتبال سپاهان در لیگ هجدهم بوده که هنوز چند روزی از عقد قراردادش با آبی ها نمی گذرد.
امیرقلعه نویی به دلیل دردسر هایی که پس از جذب بازیکن از استقلال برایش ایجاد می شود، مدت ها است که از انجام این کار علیرغم درخواست برخی از بازیکنان این تیم اجتناب می کند ولی به نظر نمی رسد باشگاه استقلال قصدی برای عدم خرید از تیم هایی داشته باشد که قلعه نویی هدایت آنها را برعهده دارد.